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良性家族性新生儿惊厥是一种单基因常染色体遗传病，目前已确定有KCNQ2和KCNQ32个基因，分别编码钾离子通道的2个成分，通过调节静止膜电位和动作电位的持续时间，使去极化的神经元膜复极。当该基因发生突变后，钾离子平衡得不到恢复，致使神经元重复放电。

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